MAN 5 Jombang menurut sejarahnya berasal dari Madrasah Aliyah Swasta Bahrul Ulum yang berdiri Tahun 1974. Tahun 1985 Madrasah Aliyah Swasta Bahrul Ulum berubah menjadi MAN Filial Tambakberas .  Tahun 1997 MAN Filial Tambakberas di Genukwatu dinegerikan dengan SK Nomor : 107 Th . 1997 tgl. 17 Maret 1997 dengan nama MAN Genukwatu Jombang. Dan pada Tahun 2018 MAN Genukwatu berubah menjadi MAN 5 Jombang.